Początki akademickiej seksuologii w Krakowie sięgają do lat 70. XX wieku i związane są nazwiskami wybitnych przedstawicieli i prekursorów polskiej seksuologii – prof. Kazimierzem Imielińskim i prof. Julianem Godlewskim. Kierowany przez nich Zakład Seksuologii (ówczesnej Akademii Medycznej) był pierwszą tego typu placówką w Polsce.

Obecna Pracownia istnieje od 2014 roku.